火影忍者手游组织争霸赛的四强分组采用相邻名次匹配原则，即第一组冠军对阵第二组冠军，第三组冠军对阵第四组冠军。这种分组方式确保了实力相近的组织在决赛阶段相遇，避免了强队过早对决的情况。分组依据主要来源于组织在预选赛阶段的表现排名，而非完全随机分配，这在一定程度上保证了比赛的公平性和竞技性。
参赛资格方面，组织需要满足两个基本条件才能获得争霸赛报名资格：组织等级达到3级且上周累计组织密令达到90个。在所有报名成功的组织中，系统会根据组织战力排名选取前16名的组织获得本服争霸赛资格。这16个组织在初始阶段会被随机分成4个小组，每组4个组织进行小组赛，小组胜出的组织进入决赛阶段。战力排名虽然是重要但并非分组的唯一标准。
小组赛阶段的随机分配机制存在一定争议，部分玩家反映高战力组织经常在早期阶段相遇。实际上，系统会考虑历史对战数据和当前战力值进行综合匹配，避免完全随机的分组方式。在跨服争霸赛中，本服冠亚军组织将代表本服出战，跨服阶段的赛制规则与本服争霸赛相同，采用类似的相邻名次匹配原则。
比赛开始前有5分钟准备时间，首领需要在此期间完成成员出战顺序的调整。合理的排序策略能显著提升获胜几率，常见的战术包括将高战力成员安排在关键位置，或采用特定的人员轮换策略。每位成员初始拥有2次胜利机会，可通过购买额外次数增加至3次，这些战术决策都会直接影响最终的分组对战结果。
比赛采用双败淘汰制，结算方式分为两种：当一方组织成员全部耗尽挑战次数时判负；若比赛时间结束，则剩余存活人员更多的组织获胜。这种机制确保了比赛的容错空间，也使得分组结果更能反映组织的真实实力。组织活跃人数对比赛结果有显著影响，即使单个成员实力强劲，人数劣势仍可能导致败北。
对于未能参赛的玩家，系统提供了支持玩法，可以选择一个参赛组织支持其夺冠，若该组织最终获胜，支持者将获得金币奖励。这一机制扩大了赛事参与度，也让更多玩家能关注分组结果和比赛进程。火影忍者组织争霸赛的分组系统经过多次优化，在竞技性和参与度之间取得了较好平衡。
