玩家首先会遇到六位先祖的分布。先祖1和先祖6位于船头区域，先祖3藏匿在船体上方的大坑中，先祖2和4则停留在船尾上方的小山上，而先祖5隐藏在船尾后方大石头的角落里。这些先祖的位置设计巧妙，与环境融为一体，需要玩家仔细观察才能发现。海底方舟的结构保留了沉船的基本形态，但增添了神秘的光影效果，船体周围散落着发光的珊瑚和漂浮的气泡，营造出梦幻的探索氛围。
探索过程中，玩家可以收集六种不同颜色的光芒。红色光芒位于墓土方舟后方的田地中，蓝色光芒出现在霞谷溜冰场的冰面或水下，青色光芒隐藏在云野入口处左侧的云层里。绿色光芒需在云野右侧浮岛图等待飞鸟将其放下，紫色光芒则藏在禁阁双人门隐藏图的浮台空间内。这些光芒不仅是任务物品，其动态效果也与海底环境产生互动，比如蓝色光芒会随水流飘动，绿色光芒会跟随飞鸟轨迹移动。
屏幕上方光翼图标下方会显示蓝色氧气条，潜水时氧气持续消耗，靠近蓝色气泡或水面可补充。氧气耗尽后角色会逐渐失去光翼，但无翼玩家不受此限制。海底散布着少量烛火，主要分布在沉船残骸和珊瑚丛周围，收集后可合成季节蜡烛。部分区域设有水下冥龙巡逻，其行动轨迹固定但会主动攻击玩家，需利用岩石和珊瑚躲避。
在方舟后方存在被称作澄净海底的景观区，由半透明的水晶宫殿和发光水母群构成，高个子角色能获得更好的视野体验。另一处幽静海底区域位于洞穴深处，需要穿过狭窄的通道才能到达，内部有会随水流摆动的荧光海草群。这些场景未设置任务指引，属于隐藏的景观彩蛋，其艺术风格明显区别于主地图的水下环境。
探索海底方舟时，潜水操作具有特殊机制。右侧方向键会变为潜水控制，上滑摇杆上浮，下滑则下潜。部分狭窄通道需要精确控制深度，如沉船内部的破损舱门。海底存在多个交互点，包括可点亮的神秘石碑、会释放气泡的火山口，以及需要双人合作开启的贝壳机关。这些设计既增加了探索趣味性，也与光遇一贯的社交玩法相契合。
